Die Hintergrundgeschichte von Five Nights at Freddy´s ist noch nicht ganz enthüllt.
In FNaF geht es um einen Mann, dessen Name William Afton ist. Afton, durch seine lila Gestalt im Spiel auch als Purple guy bezeichnet, baut Animatronics für private Feiern. Mit seinem Geschäftspartner Henry Emily eröffnet er eine Pizzariakette, in der ebenfalls Animatronics für Unterhaltung sorgen sollen. Allerdings sterben nach einiger Zeit immer mehr Menschen in den Pizzarien. Kinder und Nachtwächter verschwinden spurlos.
In den Minigames der FNaF-Serie wird immer mehr entschlüsselt was passiert. Purple guy tötet die Tochter seines besten Freundes, Charlotte Emily, ihr Geist fährt in Puppet, eine Marionette aus dem zweiten Teil. Nachdem Afton noch fünf weitere Kinder tötet und sie in die Maskottchen der Pizzaria steckt hilft Puppet den Kinderseelen die Animatronics zu kontrollieren, aus Rache gehen sie nun Nacht für Nacht auf den Nachtwächter los, da sie denken es sei ihr Mörder. Doch eines Tages kommt Afton zurück um die Roboter zu zerstören, wobei er die Seelen freilässt. Diese drängen ihn in ein Hinterzimmer und in einen Springlockanzug. Purple guy kann zwar in den Anzug um sich zu schützen, die Springlocks waren aber mit Wasser in Berührung gekommen, weswegen die Metallteile in dem Anzug William töten.
30 Jahre später wird ein Spuckhaus gebaut, indem Teile der alten Pizzaria ausgestellt werden. Die Mitarbeiter finden den goldenen Hasenanzug und nennen ihn Springtrap. Doch die Seele von William Afton steckte noch immer darin auch er will nun Rache und die einzige Person an der er diese ausüben kann ist der Nachtwächter der Horrorattraktion. Nach der fünften Nacht brennt das Gebäude dann ab. Es wird vermutet, dass es der Nachtwächter war. Springtrap übersteht das Feuer.
Der vierte Teil handelt von Crying Child und Older Brother, den Söhnen von Afton. Der Jüngere wird vom Älteren immer erschreckt, weshalb er Albträume bekommt. In einem Minispiel stecken Older Brother und seine drei Freunde den Kleinen in das Maul von Fredbear, einem der Animatronics. Was als Streich anfängt, endet in einem schrecklichen Unfall, da sich das Maul schließt.
Im fünften Teil, FNaF Sister Location, spielt man als Afton´s Sohn Michael. Er versucht in dem Spiel die Seele seiner Schwester Elizabeth, die von Circus Baby ,einem der Roboter die Afton zum Vermieten gebaut hatte, getötet wurde. Beim Versuch stirbt man jedoch selbst in der fünften Nacht, da Ennard ein aus den Animatronics aus SL zusammengebauter Roboter den Protagonisten ausscoopt und mit Mike´s Körper entkommt. Auch Circus Baby entkommt.
Im sechsten Teil "Pizzaria Simulator", treffen nun die noch besessenen Animatronics zusammen. Hat der Spieler alle vier Scrapanimatronics in seine eigene Pizzaria aufgenommen wird am Ende auch ein Feuer entzündet, diesmal weiß man, dass es Henry Emily war. Die Roboter, Henry und der Nachtwächter verbrennen.
In der "ultimate custom night" spielt man dann noch William in seiner eigenen Hölle, der von der Seele von Golden Freddy dazu gezwungen wird gegen über 50 verschiedene Animatronics zu überstehen. Im nächsten Spiel "FNaF VR Help Wanted" existiert Afton in Form von Glitchtrap, wahrscheinlich ist er in dieser Form entkommen.